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sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
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/bin/sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
/bin/sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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/bin/sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
/bin/sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
/bin/sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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/bin/sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
* Info: Detected 2 Lprof instances in o405: processes-per-node/ppn set accordingly.
If this is incorrect, rerun with an explicit value for this setting
* Info: Selecting the 'perf-high-ppn' engine for node o405
* Warning: Found no event able to derive walltime: prepending ref-cyclessh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
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sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
* Info: Process launched (host o405, process 1375355)
* Info: Process launched (host o405, process 1375359)Fri Mar 29 16:52:14 2024: Starting Initialization
Mini-Application Name : CoMD-openmp-mpi
Mini-Application Version : 1.1
Platform:
hostname: o405
kernel name: 'Linux'
kernel release: '4.18.0-477.27.1.el8_8.x86_64'
processor: 'x86_64'
Build:
CC: '/opt/intel/oneapi/mpi/2021.8.0/bin/mpiicc'
compiler version: 'unknown'
CFLAGS: '-O3 -march=native -fsave-optimization-record -DDO_MPI -O2 -march=sapphirerapids -mprefer-vector-width=512 -flto -funroll-loops -ffast-math -g -fno-omit-frame-pointer -fcf-protection=none -no-pie -cc=gcc -fopenmp -funroll-loops'
LDFLAGS: ' '
using MPI: true
Threading: OpenMP (56 threads)
Double Precision: true
Run Date/Time: 2024-03-29, 16:52:14
Command Line Parameters:
doeam: 0
potDir: pots
potName: Cu_u6.eam
potType: funcfl
nx: 100
ny: 100
nz: 100
xproc: 2
yproc: 1
zproc: 1
Lattice constant: -1 Angstroms
nSteps: 100
printRate: 10
Time step: 1 fs
Initial Temperature: 600 K
Initial Delta: 0 Angstroms
Simulation data:
Total atoms : 4000000
Min global bounds : [ 0.0000000000, 0.0000000000, 0.0000000000 ]
Max global bounds : [ 361.5000000000, 361.5000000000, 361.5000000000 ]
Decomposition data:
Processors : 2, 1, 1
Local boxes : 31, 62, 62 = 119164
Box size : [ 5.8306451613, 5.8306451613, 5.8306451613 ]
Box factor : [ 1.0074548875, 1.0074548875, 1.0074548875 ]
Max Link Cell Occupancy: 32 of 64
Potential data:
Potential type : Lennard-Jones
Species name : Cu
Atomic number : 29
Mass : 63.55 amu
Lattice Type : FCC
Lattice spacing : 3.615 Angstroms
Cutoff : 5.7875 Angstroms
Epsilon : 0.167 eV
Sigma : 2.315 Angstroms
Initial energy : -1.166063303464, atom count : 4000000
Fri Mar 29 16:52:17 2024: Initialization Finished
Fri Mar 29 16:52:17 2024: Starting simulation
# Performance
# Loop Time(fs) Total Energy Potential Energy Kinetic Energy Temperature (us/atom) # Atoms
0 0.00 -1.166063303464 -1.243619295064 0.077555991600 600.0000 0.0000 4000000
10 10.00 -1.166059650500 -1.233157709949 0.067098059449 519.0938 0.0989 4000000
20 20.00 -1.166048438416 -1.208183014318 0.042134575902 325.9677 0.1081 4000000
30 30.00 -1.166037590737 -1.186586197151 0.020548606414 158.9711 0.1084 4000000
40 40.00 -1.166042093134 -1.183625399859 0.017583306724 136.0305 0.1085 4000000
50 50.00 -1.166051684893 -1.193713710258 0.027662025365 214.0030 0.1070 4000000
60 60.00 -1.166054646931 -1.202662201513 0.036607554582 283.2087 0.1065 4000000
70 70.00 -1.166052143011 -1.204911990844 0.038859847833 300.6332 0.1091 4000000
80 80.00 -1.166048803912 -1.203635015020 0.037586211108 290.7799 0.1062 4000000
90 90.00 -1.166048006780 -1.203820491599 0.037772484818 292.2210 0.1081 4000000
100 100.00 -1.166049793504 -1.206862845060 0.040813051556 315.7439 0.1076 4000000
Fri Mar 29 16:52:38 2024: Ending simulation
Simulation Validation:
Initial energy : -1.166063303464
Final energy : -1.166049793504
eFinal/eInitial : 0.999988
Final atom count : 4000000, no atoms lost
Timings for Rank 0
Timer # Calls Avg/Call (s) Total (s) % Loop
___________________________________________________________________
total 1 23.5359 23.5359 110.14
loop 1 21.3694 21.3694 100.00
timestep 10 2.1368 21.3681 99.99
position 100 0.0057 0.5650 2.64
velocity 200 0.0048 0.9689 4.53
redistribute 101 0.0832 8.4028 39.32
atomHalo 101 0.0423 4.2747 20.00
force 101 0.1135 11.4603 53.63
commHalo 303 0.0076 2.2966 10.75
commReduce 39 0.0025 0.0982 0.46
Timing Statistics Across 2 Ranks:
Timer Rank: Min(s) Rank: Max(s) Avg(s) Stdev(s)
_____________________________________________________________________________
total 1: 23.5356 0: 23.5359 23.5357 0.0001
loop 0: 21.3694 1: 21.3694 21.3694 0.0000
timestep 0: 21.3681 1: 21.3684 21.3682 0.0001
position 0: 0.5650 1: 0.5651 0.5651 0.0001
velocity 1: 0.9668 0: 0.9689 0.9678 0.0011
redistribute 0: 8.4028 1: 8.5264 8.4646 0.0618
atomHalo 1: 3.7076 0: 4.2747 3.9912 0.2835
force 1: 11.4326 0: 11.4603 11.4464 0.0139
commHalo 1: 0.8339 0: 2.2966 1.5653 0.7314
commReduce 0: 0.0982 1: 1.4040 0.7511 0.6529
---------------------------------------------------
Average atom update rate: 0.11 us/atom/task
---------------------------------------------------
---------------------------------------------------
Average all atom update rate: 0.05 us/atom
---------------------------------------------------
---------------------------------------------------
Average atom rate: 18.72 atoms/us
---------------------------------------------------
Fri Mar 29 16:52:38 2024: CoMD Ending
* Info: Process finished (host o405, process 1375355)
* Warning: (host o405, process 1375355) Observed more threads (57) than expected (56): in case of high IO overhead or suspicious profile, rerun with maximum-threads-per-process=57.
* Info: Process finished (host o405, process 1375359)
* Warning: (host o405, process 1375359) Observed more threads (57) than expected (56): in case of high IO overhead or suspicious profile, rerun with maximum-threads-per-process=57.
sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
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sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
Your experiment path is /scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/compilers/gcc_14/oneview_results_1711727524/tools/lprof_npsu_run_0
To display your profiling results:
############################################################################################################################################################################################################
# LEVEL | REPORT | COMMAND #
############################################################################################################################################################################################################
# Functions | Cluster-wide | maqao lprof -df xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/compilers/gcc_14/oneview_results_1711727524/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Functions | Per-node | maqao lprof -df -dn xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/compilers/gcc_14/oneview_results_1711727524/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Functions | Per-process | maqao lprof -df -dp xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/compilers/gcc_14/oneview_results_1711727524/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Functions | Per-thread | maqao lprof -df -dt xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/compilers/gcc_14/oneview_results_1711727524/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Loops | Cluster-wide | maqao lprof -dl xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/compilers/gcc_14/oneview_results_1711727524/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Loops | Per-node | maqao lprof -dl -dn xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/compilers/gcc_14/oneview_results_1711727524/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Loops | Per-process | maqao lprof -dl -dp xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/compilers/gcc_14/oneview_results_1711727524/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Loops | Per-thread | maqao lprof -dl -dt xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/compilers/gcc_14/oneview_results_1711727524/tools/lprof_npsu_run_0 #
############################################################################################################################################################################################################
