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Executable Output

sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
/bin/sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
/bin/sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
/bin/sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
/bin/sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
/bin/sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
/bin/sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
/bin/sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
/bin/sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
/bin/sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
/bin/sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »

* Info: Detected 2 Lprof instances in o405: processes-per-node/ppn set accordingly.
If this is incorrect, rerun with an explicit value for this setting

* Info: Selecting the 'perf-high-ppn' engine for node o405

* Warning: Found no event able to derive walltime: prepending ref-cyclessh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »

* Info: Process launched (host o405, process 1343729)
* Info: Process launched (host o405, process 1343733)Fri Mar 29 16:02:12 2024: Starting Initialization


Mini-Application Name    : CoMD-openmp-mpi
Mini-Application Version : 1.1
Platform:
  hostname: o405
  kernel name: 'Linux'
  kernel release: '4.18.0-477.27.1.el8_8.x86_64'
  processor: 'x86_64'
Build:
  CC: '/opt/intel/oneapi/mpi/2021.8.0/bin/mpiicc'
  compiler version: '/bin/sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée'
  CFLAGS: '-O3 -march=native -fno-alias -qopt-report=3 -DDO_MPI -g -grecord-gcc-switches -fno-omit-frame-pointer -fcf-protection=none -no-pie -cc=icx -fiopenmp'
  LDFLAGS: ' '
  using MPI: true
  Threading: OpenMP (56 threads) 
  Double Precision: true
Run Date/Time: 2024-03-29, 16:02:12

Command Line Parameters:
  doeam: 0
  potDir: pots
  potName: Cu_u6.eam
  potType: funcfl
  nx: 100
  ny: 100
  nz: 100
  xproc: 2
  yproc: 1
  zproc: 1
  Lattice constant: -1 Angstroms
  nSteps: 100
  printRate: 10
  Time step: 1 fs
  Initial Temperature: 600 K
  Initial Delta: 0 Angstroms

Simulation data: 
  Total atoms        : 4000000
  Min global bounds  : [   0.0000000000,   0.0000000000,   0.0000000000 ]
  Max global bounds  : [ 361.5000000000, 361.5000000000, 361.5000000000 ]

Decomposition data: 
  Processors         :      2,     1,     1
  Local boxes        :     31,    62,    62 =   119164
  Box size           : [   5.8306451613,   5.8306451613,   5.8306451613 ]
  Box factor         : [   1.0074548875,   1.0074548875,   1.0074548875 ] 
  Max Link Cell Occupancy: 32 of 64

Potential data: 
  Potential type   : Lennard-Jones
  Species name     : Cu
  Atomic number    : 29
  Mass             : 63.55 amu
  Lattice Type     : FCC
  Lattice spacing  : 3.615 Angstroms
  Cutoff           : 5.7875 Angstroms
  Epsilon          : 0.167 eV
  Sigma            : 2.315 Angstroms


Initial energy : -1.166063303464, atom count : 4000000 

Fri Mar 29 16:02:13 2024: Initialization Finished

Fri Mar 29 16:02:13 2024: Starting simulation

#                                                                                         Performance
#  Loop   Time(fs)       Total Energy   Potential Energy     Kinetic Energy  Temperature   (us/atom)     # Atoms
      0       0.00    -1.166063303464    -1.243619295064     0.077555991600     600.0000     0.0000      4000000
     10      10.00    -1.166059650500    -1.233157709949     0.067098059449     519.0938     0.1345      4000000
     20      20.00    -1.166048438416    -1.208183014318     0.042134575902     325.9677     0.1337      4000000
     30      30.00    -1.166037590737    -1.186586197151     0.020548606414     158.9711     0.1316      4000000
     40      40.00    -1.166042093134    -1.183625399859     0.017583306724     136.0305     0.1303      4000000
     50      50.00    -1.166051684893    -1.193713710258     0.027662025365     214.0030     0.1298      4000000
     60      60.00    -1.166054646931    -1.202662201513     0.036607554582     283.2087     0.1296      4000000
     70      70.00    -1.166052143011    -1.204911990844     0.038859847833     300.6332     0.1298      4000000
     80      80.00    -1.166048803912    -1.203635015020     0.037586211108     290.7799     0.1301      4000000
     90      90.00    -1.166048006780    -1.203820491599     0.037772484818     292.2210     0.1302      4000000
    100     100.00    -1.166049793504    -1.206862845060     0.040813051556     315.7439     0.1304      4000000
Fri Mar 29 16:02:39 2024: Ending simulation



Simulation Validation:
  Initial energy  : -1.166063303464
  Final energy    : -1.166049793504
  eFinal/eInitial : 0.999988
  Final atom count : 4000000, no atoms lost


Timings for Rank 0
        Timer        # Calls    Avg/Call (s)   Total (s)    % Loop
___________________________________________________________________
total                      1      27.1047       27.1047      103.46
loop                       1      26.1989       26.1989      100.00
timestep                  10       2.6198       26.1984      100.00
  position               100       0.0056        0.5609        2.14
  velocity               200       0.0049        0.9864        3.77
  redistribute           101       0.1053       10.6356       40.60
    atomHalo             101       0.0653        6.5939       25.17
  force                  101       0.1363       13.7713       52.56
commHalo                 303       0.0149        4.5256       17.27
commReduce                39       0.0119        0.4651        1.78

Timing Statistics Across 2 Ranks:
        Timer        Rank: Min(s)       Rank: Max(s)      Avg(s)    Stdev(s)
_____________________________________________________________________________
total                0:   27.1047       1:   27.1056     27.1052      0.0005
loop                 0:   26.1989       1:   26.1989     26.1989      0.0000
timestep             0:   26.1984       1:   26.1985     26.1985      0.0001
  position           1:    0.5601       0:    0.5609      0.5605      0.0004
  velocity           0:    0.9864       1:    0.9910      0.9887      0.0023
  redistribute       1:    6.8723       0:   10.6356      8.7539      1.8816
    atomHalo         1:    2.8678       0:    6.5939      4.7308      1.8630
  force              0:   13.7713       1:   17.9906     15.8810      2.1097
commHalo             1:    0.8530       0:    4.5256      2.6893      1.8363
commReduce           1:    0.0024       0:    0.4651      0.2337      0.2313

---------------------------------------------------
 Average atom update rate:       0.13 us/atom/task
---------------------------------------------------


---------------------------------------------------
 Average all atom update rate:   0.07 us/atom
---------------------------------------------------


---------------------------------------------------
 Average atom rate:             15.27 atoms/us
---------------------------------------------------

Fri Mar 29 16:02:39 2024: CoMD Ending


* Info: Process finished (host o405, process 1343729)
* Warning: (host o405, process 1343729) Observed more threads (57) than expected (56): in case of high IO overhead or suspicious profile, rerun with maximum-threads-per-process=57.

* Info: Process finished (host o405, process 1343733)
* Warning: (host o405, process 1343733) Observed more threads (57) than expected (56): in case of high IO overhead or suspicious profile, rerun with maximum-threads-per-process=57.
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sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
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sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
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sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »


Your experiment path is /scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711724527/tools/lprof_npsu_run_0

To display your profiling results:
#########################################################################################################################################################################################################
#    LEVEL    |     REPORT     |                                                                                COMMAND                                                                                 #
#########################################################################################################################################################################################################
#  Functions  |  Cluster-wide  |  maqao lprof -df xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711724527/tools/lprof_npsu_run_0      #
#  Functions  |  Per-node      |  maqao lprof -df -dn xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711724527/tools/lprof_npsu_run_0  #
#  Functions  |  Per-process   |  maqao lprof -df -dp xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711724527/tools/lprof_npsu_run_0  #
#  Functions  |  Per-thread    |  maqao lprof -df -dt xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711724527/tools/lprof_npsu_run_0  #
#  Loops      |  Cluster-wide  |  maqao lprof -dl xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711724527/tools/lprof_npsu_run_0      #
#  Loops      |  Per-node      |  maqao lprof -dl -dn xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711724527/tools/lprof_npsu_run_0  #
#  Loops      |  Per-process   |  maqao lprof -dl -dp xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711724527/tools/lprof_npsu_run_0  #
#  Loops      |  Per-thread    |  maqao lprof -dl -dt xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-4338/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711724527/tools/lprof_npsu_run_0  #
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